La información en la base de datos consta de registros de temperatura de la columna de agua, corrientes superficiales, parámetros fisicoquímicos y registros biológicos,  todos los datos están georeferenciados.
Para consultar la información de la base de datos, se debe elevar una solicitud a la Dirección General Adjunta de Oceanografía, Hidrografía y Meteorología, de acuerdo al procedimiento y formato.

Por medio del instrumento conocido como Batitermógrafo, se obtienen perfiles de temperatura hasta profundidades de 500 metros.  Los registros datan de un periodo de 1941 a 1980. Los datos fueron donados por el NODC.

La información que comprende esta base de datos cubre el período 1850 a 1974, y cuenta con alrededor de 4 millones de observaciones sobre corrientes superficiales, obtenidas por el método de arrastre del buque “ship drift”.  Los registros incluyen la posición geográfica, fuente de los datos, y dirección y velocidad de las corrientes superficiales. Estas últimas fueron obtenidas por observación de objetos a la deriva, a excepción de 5100 registros en los que se usó el electrokinetógrafo geomagnético (gek). El 64 % de las observaciones fueron hechas por buques estadounidenses, 32% por buques holandeses y el resto por japoneses, británicos y franceses. Además se incluyen observaciones tomadas por Institutos y Estaciones Oceanográficas de la Secretaría de Marina.

En 1998 se creó la Red Mareográfica Institucional de la Secretaría de Marina, la cual se basó en las estaciones mareográficas que operaba la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), y se proyectó como una red que cubriera ambos litorales y territorio insular, con tecnología de punta para obtener información fidedigna, completa, actual y confiable, acorde a necesidades reales de la Institución.  Con la puesta en funcionamiento de la Red, se creó un banco de datos que ha permitido elaborar las predicciones de marea para los principales puertos del país, y la publicación de tablas numéricas y calendarios gráficos de predicción de mareas, disponibles al público a partir del año 2001.

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La base de datos físico-químicos con que cuenta el Sistema de Información Oceanográfica, se ha obtenido a través de cruceros oceanográficos realizados por personal de la Secretaría de Marina así como información donada por el National Oceanographic Data Center (NODC) de los Estados Unidos de América. Los datos abarcan un periodo de 1900 a 1985 y 1997 a 2009, están georeferenciados e incluyen los parámetros de temperatura y salinidad a distintas profundidades. Algunos registros incluyen oxígeno disuelto, fosfato, fósforo total, silicato, nitrito, nitrato, pH y temperatura, así como datos meteorológicos registrados a bordo de los buques.

Desde el año 2002, personal de los Institutos y Estaciones de Investigación Oceanográfica llevan a cabo un Programa de Monitoreo de Calidad del Agua Marina en los principales puertos del país, generando información que alimenta la base de datos con registros de temperatura, potencial de hidrógeno, oxígeno disuelto, demanda bioquímica de oxígeno, sólidos suspendidos totales, nitratos, nitritos, amonio, ortofosfatos, transparencia y salinidad, así como datos bacteriológicos (coliformes fecales).

La Colección Biológica de la Secretaría de Marina, es una muestra de la diversidad biológica en nuestros mares y son referencia de utilidad para estudios taxonómicos y biogeográficos. Se ha constituido a partir de colectas efectuadas durante expediciones que desde hace 35 años biólogos de la Secretaría de Marina han llevado a cabo en el Océano Pacifico, Golfo de México y Mar Caribe, y esta formada por 17,468 ejemplares, de los cuales 1,983 son peces, 4,054 crustáceos, 6,943 otros invertebrados y 3,132 organismos planctónicos.   
Actualmente la Colección Biológica se encuentra bajo resguardo del Instituto Oceanográfico del Pacífico, con sede en el puerto de Manzanillo, Col., donde esta disponible para su consulta por parte de investigadores y estudiosos de cualquier parte de la Republica.